สามจังหวัดชายแดนใต้เป็นพื้นที่เดียวในประเทศไทยที่มีการใช้กฎหมายพิเศษอย่างต่อเนื่องยาวนานตั้งแต่ปี 2547 เรื่อยมาจนถึงปัจจุบัน พระราชบัญญัติกฎอัยการศึก พ.ศ. 2457 (กฎอัยการศึก) เป็นหนึ่งในสามกฎหมายพิเศษที่มีการใช้ในชายแดนใต้และมีผลกระทบต่อสิทธิเสรีภาพและวิถีชีวิตของประชาชนอย่างมาก
เหตุสำคัญที่แท้จริงที่ต้องมีการประกาศใช้กฎอัยการศึกได้ก็คือเมื่อเกิดภาวะสงคราม จลาจล หรือถูกรุกรานจากภายในหรือนอกประเทศ แต่เมื่อประกาศใช้ด้วยเหตุผลทางการเมืองเป็นข้ออ้างในการแก้ไขปัญหาความขัดแย้งในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนใต้แล้ว มีผลให้เจ้าหน้าที่ทหารมีอำนาจเหนือฝ่ายพลเรือนทุกประการและสามารถดำเนินการโดยพลการได้หลายอย่าง เช่น จับและกักตัวหรือควบคุมตัวบุคคลไว้เพื่อการสอบถาม การตรวจค้นต่างๆ สามารถทำได้ทันที โดยไม่ต้องมีหมายหรือไม่ต้องขออำนาจศาล รวมทั้งการตั้งด่านตรวจค้นรถยนต์ยานพาหนะ และค้นบ้านเรือนประชาชน รวมทั้งเข้าใช้บ้านเรือนประชาชนเพื่อประโยชน์ทางการทหาร บังคับตรวจดีเอ็นเอ บังคับถ่ายรูปใบหน้าแสดงตัวตน (สองแช๊ะ) ถ่ายรูปพร้อมบัตรประชาชนโดยบังคับ เป็นต้น
การจับกุมไปสอบปากคำของเจ้าหน้าที่ทหารมักปรากฏว่ามีปัญหาเนืองๆ เป็นที่มาของการที่มีบุคคลจำนวนหนึ่งร้องเรียนกับองค์กรสิทธิมนุษยชนว่าถูกทำร้ายร่างกายและจิตใจ มีหลายคนเสียชีวิตระหว่างการถูกควบคุมตัว เพื่อจะแก้ไขและป้องกันปัญหานี้ในกระบวนการจับกุมตัวบุคคล พ.ร.บ. ป้องกันและปราบปรามการทรมานและการกระทำให้บุคคลสูญหาย พ.ศ. 2565 ได้กำหนดให้เจ้าหน้าที่ต้องดำเนินการตามมาตราหลายประการในกฎหมายฉบับดังกล่าวเพื่อที่จะป้องกันไม่ให้เกิดการละเมิดสิทธิฯ ขึ้นในระหว่างกระบวนการจับกุมได้ โดยเฉพาะในขั้นตอนการกักตัวตามอำนาจกฎอัยการศึก
ตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ ซึ่งเป็นเดือนที่ราชกิจจาฯ ประกาศให้ พ.ร.บ. ทรมาน-อุ้มหาย มีผลบังคับใช้ตั้งเเต่วันที่ 22 กุมภาพันธ์จนถึง 22 พฤษภาคม 2566 มีสถิติเรื่องร้องเรียน รวมเกือบ 1,000 เรื่อง
- ที่สามจังหวัดชายแดนใต้มี 30 เรื่องร้องเรียนหรือการแจ้งการจับที่จับกุมไปที่ค่ายทหารและ7 กรณีที่ ศป.ตร.ส่วนหน้ายะลา
- จากรายงานสถิติศูนย์ป้องกันและปราบปรามการทรมานและการกระทำให้บุคคลสูญหาย สำนักงานอัยการสอบสวน สถิติ มีการรายงานรับแจ้งเหตุทั้งหมด 914 เรื่อง เกี่ยวกับการทรมานการกระทำที่โหดร้ายไร้มนุษยธรรมหรือย่ำยีศักดิ์ศรีความเป็นมนุษย์หรือการกระทำให้บุคคลสูญหายจากผู้พบเห็นหรือทราบเหตุ
- จากรายงานสถิติจากกรมการปกครอง ส่วนการสอบสวนคดีอาญา มีรายงานการแจ้งการควบคุมตัว ตาม ม.22 แห่ง พ.ร.บ. ทรมาน-อุ้มหาย ในพื้นที่ กทม. ทั้งหมด 27 คดี แบ่งเป็น การแจ้งการควบคุมตัวฯ ผ่านระบบรับแจ้ง arrest.dopa.go.th จำนวน 1 คดี และ การแจ้งการควบคุมตัวฯ ผ่าน E-mail: arrestdopabkk@gmail.com จำนวน 26 คดี