ความเป็นอิสระของผู้พิพากษา และตุลาการ มิใช่หมายเพียงความเป็นอิสระของ “ศาล” ซึ่งเป็นสถาบันฝ่ายตุลาการตามหลักนิติธรรม ซึ่งต้องปลอดพ้นจากการแทรกแซงหรืออิทธิพลใดๆ เพื่อทำหน้าที่และใช้อำนาจในการตรวจสอบถ่วงดุลฝ่ายบริหารและฝ่ายตุลาการตามหลักนิติธรรมเท่านั้น แต่หมายรวมถึง “ความเป็นอิสระของผู้พิพากษาและตุลาการแต่ละคน” ในการพิจารณาและพิพากษาคดีด้วย
การพิจารณา และพิพากษาคดีของผู้พิพากษา และตุลาการ นอกจากการพิพากษาคดีที่ตนรับผิดชอบแล้ว ย่อมรวมถึงการมีคำสั่งอื่นๆ ในคดี เช่นการขังหรือปล่อยตัวจำเลยเป็นต้น โดยตามหลักสากลแล้ว ผู้พิพากษา และตุลาการจะต้องปลอดพ้นจากอิทธิพลและการแทรกแซง ไม่ว่าในลักษณะใดๆ รวมทั้งอิทธิพลและการแทรกแซงจากผู้บริหารศาล เช่น หัวหน้าหรือรองหัวหน้าศาล อธิบดีศาล ฯลฯ ในระบบ Bureaucracy ทั้งต้องปลอดพ้นจากอคติส่วนตัวใดๆ ไม่ว่าทางการเมืองหรืออื่นใด
รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 ซึ่งถือว่าเป็นรัฐธรรมนูญฉบับประชาชน ได้รับรองความเป็นอิสระของผู้พิพากษา และตุลาการไว้อย่างชัดเจน ในมาตราต่างๆ และในมาตรา 236 และมาตรา248 โดยเฉพาะในมาตรา 248 วรรคสองที่กำหนดว่า “การพิจารณาพิพากษาอรรถคดีของผู้พิพากษา และตุลาการไม่อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาตามลำดับชั้น” ซึ่งสอดคล้องกับ “หลักความเป็นอิสระของผู้พิพากษา” ที่กำหนดไว้ในกฎหมายระหว่างประเทศ อย่างยิ่ง
แต่เป็นที่น่าเสียดายที่บทบัญญัติที่รับรองความเป็นอิสระของผู้พิพากษาและตุลาการ โดยเฉพาะในศาลชั้นต้นนั้นได้ถูกยกเลิกไป ภายหลังการทำรัฐประหารของกลุ่มอำนาจในกองทัพในปี ๒๕๔๙ โดยในการจัดทำรัฐธรรมนูญ 2550 “ผู้พิพากษาชั้นผู้ใหญ่” ในระบบ Bureaucracy ของศาล ให้เหตุผลในการเปลี่ยนแปลงว่า “ผู้พิพากษาเจ้าของสำนวนในศาลชั้นต้นมีอิสระมากเกินไป” ทำให้คำสั่งและคำพิพากษาในคดีต่างๆ ไปคนละทิศละทาง จนประชาชนขาดความเชื่อมั่นในศาล
การยกเลิกบทบัญญัติที่ประกันความเป็นอิสระของผู้พิพากษา และตุลาการดังกล่าวข้างต้น ทำให้ระบบ Bureaucracy ในวงการตุลาการกลับมาเข้มแข็งอีกครั้งหนึ่ง ผลก็คือ ในการพิจารณา และพิพากษาคดีบางประเภท เช่น คดีความมั่นคง (รวมทั้ง 112 และ 116) คดี “ร้ายแรง” (มีโทษจำคุกเกิน 10 ปี) รวมทั้งคดีการไต่สวนการตายที่โด่งดังบางคดี โดยเฉพาะคดีที่ประชาชนจำนวนมากถูกสังหารโดยกองกำลังทหาร เป็นต้น ผู้พิพากษาเจ้าของสำนวนต้องส่งร่างคำพิพากษาหรือร่างคำสั่งให้อธิบดีศาลตรวจเสียก่อน เพื่อทำ “ความเห็นแย้ง” (หากมี) ตามที่กำหนดไว้ในระเบียบของประธานศาลฎีกา
ซึ่งน่าจะเป็นระเบียบที่ขัดต่อหลักการของความเป็นอิสระของผู้พิพากษา และตุลาการ จริงอยู่ “ความเห็นแย้ง” ของอธิบดีหรือรองอธิบดีผู้ได้รับมอบหมายนั้น ถือ ” เป็นเพียงคำแนะนำ” มิใช่ความเห็นเด็ดขาด ที่ผู้พิพากษาเจ้าของสำนวนจะต้องเห็นด้วย แต่โดยความเป็นจริงแล้ว ความสัมพันธ์เชิงอำนาจในระบบ Bureaucracy ระหว่างผู้พิพากษาเจ้าของสำนวน และอธิบดี ซึ่งเป็นผู้บังคับบัญชา คงยากที่ผู้พิพากษาเจ้าของสำนวนจะเป็น “เด็กดื้อ” โดยไม่เชื่อฟังคำแนะนำของท่านอธิบดีได้
มิเช่นนั้น ตนจะต้องตกอยู่ภายใต้แรงกดดันอย่างมาก โดยเฉพาะเมื่อผู้พิพากษาชั้นผู้ใหญ่ในระดับอธิบดี มีอำนาจที่จะนั่งพิจารณาคดีเสียเอง หรือกระทั้งสั่งย้ายผู้พิพากษา (ชั่วคราว) ได้ ตามพระธรรมนูญศาลยุติธรรม มาตรา 11 และ มาตรา 14 จึงเกิดปรากฎกาณณ์ผู้พิพากษา “ยิงตัวตาย” เพื่อประท้วง “คำแนะนำ” ดังกล่าวของอธิบดีขึ้น หรือเกิดกรณีผู้พิพากษาเจ้าของสำนวน ต้องเลื่อนการอ่านคำสั่งหรือคำพิพากษาออกไป เนื่องจากต้องส่งร่างคำสั่งหรือคำพิพากษาให้ “ผู้ใหญ่” ดูก่อน เป็นต้น
ความจริง หลักการที่ให้ผู้พิพากษา และตุลาการมีอิสระ ดังที่รับรองไว้ในรัฐธรรมนูญ 2540 และหลักกฎหมายระหว่างประเทศนั้น ก็เพื่อให้เกิดความเป็นธรรมแก่คู่ความและการพัฒนาของกระบวนการยุติธรรม ภายใต้ระบบการพิจารณาคดีที่เปิดเผย ตรวจสอบได้โดยคู่ความและประชาชนนั้น แม้อาจมีกรณีที่ผู้พิพากษาศาลชั้นต้นบางคน มีคำพิพากษาหรือคำสั่งที่ผิดไปจากครรลองคลองธรรม หรือแตกต่างไปจากแนวคำพิพากษาของศาลสูงอยู่บ้าง
แต่สังคม และวงการวิชาการก็สามารถวิพากษ์วิจารณ์ได้ คู่ความที่ไม่เห็นพ้องด้วยกับคำสั่งหรือคำพิพากษาดังกล่าว ก็สามารถอุทธรณ์เพื่อแก้ไขคำพิพากษาหรือคำสั่งที่ผิดนั้นได้เช่นกัน นอกจากนี้ การให้อิสระแก่ผู้พิพากษา และตุลาการ น่าจะมีผลอย่างสำคัญในการพัฒนาหลักแห่งความยุติธรรม การตีความบทกฎหมายให้สอดคล้องกับพัฒนาการของสังคมและหลักสิทธิมนุษยชน และเป็นช่องทางให้แนวคิดใหม่ๆเกี่ยวกับกระบวนการยุติธรรม ได้มีโอกาสเข้าไปสู่การรับรู้และการพิจารณาของศาลสูง โดยต้องเข้าใจว่า “ความแตกต่างหลากหลาย มิใช่สิ่งเลวร้าย แต่เป็นสิ่งจำเป็นของการสร้างสรรอารยธรรม” ” ผู้พิพากษาศาลชั้นต้น ซึ่งเป็นคนรุ่นใหม่ๆ น่าจะมีโอกาสในการนำสิ่งใหม่ๆเข้าสู่กระบวนการยุติธรรม ก่อนที่จจะถูกครอบงำโดยระบบ Bureaucracy
ยิ่งไปกว่านั้น การที่ศาลมีระบบระเบียบ ให้ฝ่ายบริหารของศาล มีอำนาจในการแทรกแซงโดยการทำความเห็นแย้ง ให้คำแนะนำ หรือเป็นผู้วินิจฉัยและออกคำสั่งในคดีที่ตนมิได้เป็นผู้รับผิดชอบ เช่นการสั่งขังหรือปล่อยตัว นั้น มีหลักประกันอันใดว่า ผู้บริหารจะเป็นอิสระปลอดพ้นจากอิทธิพลภายในและภายนอกนอก และเป็นอิสระปลอดพ้นจากอคติทั้งปวง หรือการสั่งคดีนั้นไม่เกิดจาก “นโยบาย” ไม่ว่าจะมาจากภายในระบบศาลเอง หรือจากภายนอก ที่ผ่านเข้ามาในระบบ Bureaucracy ของศาล จนในคดีบางประเภท มีผู้วิจารณาว่า ศาลมีคำสั่งและคำพิพากษา โดย ยึดถือ “นโยบาย” ยิ่งกว่าหลักแห่งความยุติธรรม สิทธิมนุษยชนและนิติธรรม