ศาลทหารจัดตั้งโดย พ.ร.บ. ธรรมนูญศาลทหาร พ.ศ. ๒๔๙๘ กระบวนการพิจารณาในศาลทหาร มีทั้งศาลทหารในเวลาปกติ และศาลทหารในเวลาไม่ปกติ ศาลทหารในเวลาไม่ปกติ หมายถึง ในเวลาที่มีการรบ หรือสถานะสงคราม หรือได้ประกาศใช้กฎอัยการศึก ขอเน้นเฉพาะในเวลาที่ได้มีการประกาศใช้กฎอัยการศึกนะครับ กล่าวคือ หากผู้มีอำนาจประกาศใช้กฎอับการศึกได้ประกาศ หรือผู้บัญชาการทหารสูงสุดได้สั่งตามกฎหมายว่าด้วยกฎอัยการศึก ให้ศาลทหารมีอำนาจพิจารณาพิพากษาคดีอาญาใด ๆ ได้ด้วย กรณีตามคำสั่ง ครส. ได้ใช้อำนาจตามกฎอัยการศึก ให้คดีความผิดเกี่ยวกับความมั่นคงแห่งราชอาณาจักรดังต่อไปนี้ ให้อยู่ในอำนาจพิจารณคดีของศาลทหาร
๑) ความผิดตามประมวลกฎหมายอาญา
หมวด ๑ ความผิดต่อองค์พระมหากษัตริย์ พระราชินี รัชทายาท และผู้สําเร็จราชการแทนพระองค์ มาตรา ๑๐๗ – ๑๑๒ และหมวด ๒ ความผิดต่อความมั่นคงของรัฐภายในราช
อาณาจักร มาตรา ๑๑๓ – ๑๑๘ ยกเว้นความผิดที่เกิดขึ้นในพื้นที่ที่มีการประกาศ พ.ร.บ.รักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร พ.ศ.๒๕๕๑ และ พ.ร.ก.บริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ.๒๕๔๘
๒) ความผิดตามประกาศหรือคำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติ
กระบวนการยุติธรรมทหาร โดยเฉพาะวิธีพิจารณาคดีหาได้แตกต่างไปจากวิธิพิจารณาคดีของศาลยุติธรรมแต่ประการใด กล่าวคือ พนักงานสอบสวนที่ได้รับคำร้องทุกข์ เมื่อสรุปสำนวนเสร็จแล้ว จะส่งสำนวนไปให้อัยการทหาร เพื่อพิจารณา หากอัยการทหารมีความเห็นสั่งฟ้อง ก็จะยื่นฟ้องต่อศาลทหาร เมื่อศาลประทับรับฟ้อง กระบวนการพิจารณาเหมือนศาลยุติธรรม คือ จำเลยสามารถแต่งทนายสู้คดีได้ เป็นการพิจารณาคดีโดยเปิดเผย เว้นแต่ศาลเห็นสมควรจะให้พิจารณาคดีลับ ในการสืบพยาน ก็จะเริ่มจากการสืบพยานโจทก์ แล้วสืบพยานจำเลย ระหว่างการสืบพยาน มีการซักถาม ถามค้าน และถามติง เหมือนศาลยุติธรรมทุกประการ เพราะใช้ ป.วิ.อาญา และ ป.วิ.แพ่ง เหมือนกันครับ เพียงแต่หากเป็นคดีที่เกิดขึ้นในพื้นที่ประกาศใช้กฎอัยการศึก กฎหมายห้ามอุทธรณ์ ฎีกา เท่านั้น (ตาม พ.ร.บ.ธรรมนูญศาลทหาร มาตรา ๖๑ วรรคสอง)
การควบคุมตัวระหว่างการพิจารณา จำเลยจะถูกควบคุมตัวไว้ที่เรือนจำทหาร
การปล่อยตัวชั่วคราว ใช้ ป.วิ.อาญา เหมือนกัน ซึ่งเป็นดุลพินิจของศาล
บทลงโทษเป็นไปตามกฎหมายนั้น ๆ ส่วนดุลพินิจในการลงโทษไม่แตกต่างจากศาลยุติธรรม
การบังคับโทษ หากศาลพิพากษาลงโทษจำคุก จำเลยจะต้องรับโทษจำคุกในเรือนจำทหาร เว้นแต่ต้องโทษจำคุกเกินกว่า ๓ ปี ก็จะโอนตัวนักโทษผู้นั้นไปรับโทษยังเรือนจำพลเรือน